W wyniku powstania antyhiszp. 1896–98 proklamowano niepodległość F.; rząd, na którego czele stanął prez. E. Aguinaldo, podjął decyzję o wydaleniu z kraju zakonów i konfiskacie ich mienia. Stany Zjednoczone, po zwycięstwie nad Hiszpanią w wojnie amer.-hiszp. 1898, nie uznały nowo proklamowanej republiki i ustanowiły na wyspach własne rządy; dopiero 1934 wobec narastających dążeń niepodległościowych przyznały F. autonomię, a 1946 uznały ich niepodległość. W okresie zwierzchnictwa amer. duchowieństwo hiszp. zostało zastąpione przez księży amer., irlandzkich i niem. oraz wywodzących się z ludności tubylczej; władze amer. wprowadziły rozdział Kościoła od państwa i laicyzację szkolnictwa. W 1902 doszło do rozłamu w Kościele katol. na F.: ksiądz G. Aglipay y Labayán zał. w Manili Filipiński Kościół Niezależny (Iglesia Católica Filipina Independiente) o charakterze nacjonalistycznym, który objął 1/3 filipińskich katolików. Kryzys Kościoła katol. na F. skłonił Stolicę Apostolską do podjęcia działań mających na celu rozbudowę hierarchii kośc., powrót do kraju hiszp. księży i misjonarzy katol. (m.in. sercanów, werbistów i dominikanów) i ożywienie życia rel. (m.in. kongresy eucharystyczne w Manili 1929–37). Pod patronatem amer. powstały sprzyjające warunki do działalności na terenie F. Kościołów protest.; misje protest. prowadzili m.in. prezbiterianie i metodyści (1899), baptyści (1900), kongregacjonaliści (1902), Adwentyści Dnia Siódmego (1906). Misje protest. współdziałały ze sobą, tworząc ruch ekumeniczny: 1901 powstał Alians Ewangelicki, a następnie Nar. Rada Chrześc. (1929), Filipińska Federacja Kościołów Ewangelickich (1938), Filipińska Federacja Kościołów Chrześc. (1948), a także Nar. Rada Kościołów na Filipinach (1963).