Jan III Waza, król szwedzki i władca W. Księstwa Finlandii (od 1556), usiłował osiągnąć zbliżenie między protestantyzmem a katolicyzmem (m.in. ułożył nowy mszał Liturgia Suecanae Ecclesiae catholicae et orthodoxae conformis 1575), prowadził rokowania z papiestwem, co wywołało sprzeciw duchowieństwa luterańskiego; po jego śmierci duchowieństwo fińskie ratyfikowało uchwałę synodu w Uppsali (1593), przyjmując tym samym Augsburskie Wyznanie. Do końca XVI w. reformacja utrwaliła się w całym państwie. Ruch reformacyjny przyczynił się do ukształtowania piśmiennictwa w języku fińskim (przekł. Biblii z 1548 i utwory rel. z XVI w. — ich tłumaczem i wydawcą był M.O. Agricola). Po przejęciu przez Szwecję kontroli nad Karelią (1617) część jej mieszkańców przyjęła luteranizm, wyznawcy prawosławia zaś poddani zostali prześladowaniom. Nietolerancyjna postawa Kościoła luterańskiego w F. uniemożliwiała także działalność Kościoła katol.; pod koniec 2. dziesięciolecia XVII w. wydalono z F. ostatnich katolików; dopiero 1781 ogłoszono tolerancję wobec katolicyzmu. W końcu lat 80. XVII w. ujawniły się w F. wpływy pietyzmu w jego radykalnej postaci. Konflikt między pietyzmem a luterańską ortodoksją osiągnął kulminację w dekrecie z 1726, zakazującym wszelkich zgromadzeń pietystycznych. Pod koniec XVIII w. pojawiły się (zwł. wśród warstw wyższych) idee oświeceniowe, pozostające w opozycji do ruchów charyzmatycznych (charyzmatyczny ruch), popularnych gł. wśród ludu; najwybitniejszym fińskim duchownym okresu oświecenia był A. Chydenius, proboszcz z Karlby.