W 1966 prezydentem F. został F. Marcos; za jego rządów narastały niepokoje społ. i problemy ekon.; na południu kraju 1969 powstał Nar. Front Wyzwolenia Moro, który wysunął żądanie autonomii dla obszarów zamieszkanych przez ludność muzułmańską na Mindanao i wyspach Sulu, a 1972 wezwał wyznawców islamu na F. do zbrojnej walki o swoje prawa (poparły ją inne kraje muzułmańskie); w odpowiedzi Marcos wprowadził stan wyjątkowy i rządy autorytarne. Kościół filipiński zaprotestował wówczas przeciw dyskryminacji obywateli kraju i ingerencję państwa w sprawy Kościoła; 1979 biskupi filipińscy na czele z kard. J.L. Sinem ponownie wyrazili sprzeciw wobec polityki prezydenta; w związku z podróżą na F. papieża Jana Pawła II prez. Marcos zniósł stan wyjątkowy. W 1983 doszło do zabójstwa przywódcy opozycji B. Aquino, które stało się powodem masowych demonstracji przeciw ekipie rządzącej; 1984 kard. J.L. Sin w wystąpieniach w kraju i za granicą oficjalnie potępił łamanie praw człowieka na F. W 1986 swoją kandydaturę w wyborach prezydenckich wysunęła C. Aquino, wdowa po zamordowanym przywódcy opozycji; po ogłoszeniu przez Marcosa sfałszowanych wyników wyborów wezwała ludność do buntu, dla swojej kampanii zyskując m.in. wsparcie Kościoła katol.; w efekcie gwałtownych protestów i zamieszek Marcos opuścił kraj i udał się do USA.