Za panowania Filipa IV Pięknego (1285–1314) pod bezpośrednią władzę monarchii przeszły liczne ziemie lenne; aby pokryć koszty wojen, król m.in. zwiększał podatki, co wywołało otwarty konflikt z papiestwem; opodatkowanie fr. duchowieństwa, a więc ograniczenie prawa do dysponowania dochodami z majątków kośc., papież Bonifacy VIII uznał za naruszenie prymatu władzy duchownej nad świecką i wystąpił przeciw królowi F.; w tym sporze Stany Generalne (w tym kler fr.) poparły króla i opowiedziały się za „suwerenną wolnością królestwa” (1302), a wysłany do Rzymu kanclerz Wilhelm z Nogaret uwięził 1303 papieża w Anagni; 1305 król przeforsował wybór swego kandydata, Bertranda de Got, arcybpa Bordeaux, na papieża (Klemens V), który 1309 przeniósł siedzibę papiestwa do Awinionu (awiniońska niewola papieży). Od 1307 król prześladował templariuszy — oskarżając ich o herezję, 1312 nakłonił papieża do rozwiązania zakonu, nakazał konfiskatę ich dóbr, a wielu zakonników (m.in. mistrza J. de Molay) spalono na stosie. W 1378 doszło do rozłamu w Kościele zach. (schizma zachodnia) — część kardynałów, ulegając wpływom fr. hierarchii kośc., unieważniła wybór papieża Urbana VI, powołując papieża Klemensa VII (antypapież); w tym okresie królowie fr. decydowali, kto jest prawowitym papieżem, nastąpiło także dalsze podporządkowanie Kościoła fr. państwu.