W 1216 papież Innocenty III podporządkował Kościół w F. arcybiskupstwu w Uppsali. Na pocz. XIII w. na terenie Karelii zaznaczyły się silne wpływy polit. i rel. Nowogrodu Wielkiego; ruski kronikarz wspomina o nawróceniu na religię prawosł. niemal wszystkich mieszkańców Karelii (1227). F. stała się wówczas terenem zbrojnego konfliktu między katol. Szwecją i prawosł. Nowogrodem Wielkim; po klęsce wojsk szwedzkich w bitwie nad Newą (1240) zahamowana została ekspansja katolicyzmu na terenie F. W 1249 Szwedzi zorganizowali nową wyprawę krzyżową pod dowództwem jarla Birgera Magnussona, mającą na celu utrwalenie rządów szwedzkich i Kościoła katol. w Tawastii. Pokój w Pähkinäsaari (1323) zakończył okres wypraw krzyżowych w dziejach F. i ustalił linię graniczną oddziaływania dwóch kultur i religii; F. pozostała (do pocz. XIX w.) w granicach państwa szwedzkiego, natomiast na większości terenów Karelii utrwalił się wpływ Nowogrodu Wielkiego i Kościoła prawosł.; ważnym ośrodkiem życia duchowego stał się klasztor prawosł. Valamo (zał. 1329) na wyspie na jez. Ładoga. W XII–XIII w. powstały w F. pierwsze miasta, m.in.: Åbo (fiń. Turku) — gł. ośrodek kośc. kraju, siedziba biskupstwa, oraz Borgå (fiń. Porvoo). Spośród zakonów działalność misyjną na terenie F. prowadzili dominikanie (klasztor w Turku, zał. 1249), odgrywający ważną rolę nie tylko w umacnianiu pozycji Kościoła katol., ale także w tworzeniu średniow. kultury F.; od XIV w. na terenie F. działali franciszkanie (klasztor w Rauma, zał. 1392). W XV w. rozbudowano sieć parafialną w F. (działalność bpa Magnusa II Tawasta, 1412–50).