Reformacja, popierana w Niemczech przez Franciszka I jako element opozycji wobec Habsburgów, przeniknęła wkrótce do F.; początkowo przeważały wpływy luteranizmu, w poł. XVI w. wśród protestantów fr. (od ok. 1550 zw. hugenotami) zwyciężył kalwinizm. W 1559 hugenoci zwołali pierwszy synod nar., uchwalili wyznanie wiary i utworzyli jednolitą organizację kośc. (Kościół reformowany skupiał członków wielu rodzin szlacheckich, m.in. boczną linię Burbonów wraz z królem Nawarry), a 1562 uzyskali od regentki Katarzyny Medycejskiej częściową swobodę kultu. Wzajemna wrogość i rywalizacja o wpływy polit. między obozem katol. (Gwizjusze, Liga Katol.) i protest. doprowadziła do krwawych wojen rel. (1562–98, z przerwami). Chwiejna polityka ostatnich Walezjuszów, przechodzących od częściowej tolerancji (1570 edykt w Saint-Germain) do krwawych represji (1572 „noc świętego Bartłomieja”), nie mogła przynieść pokoju. Kres walk nastąpił dopiero po śmierci Henryka III (1589) — ostatniego z Walezjuszów, kiedy tron objął dotychczasowy przywódca hugenotów, Henryk III Nawarski (jako Henryk IV, pierwszy z dyn. Burbonów).