W końcu XV w. z Brunei na F. przeniknął islam; na Mindanao i wyspach Sulu powstały sułtanaty. W 1521 na F. dotarła wyprawa F. Magellana; 1543 wyprawa R. Lopeza de Villalobos nadała wyspom nazwę F. na cześć następcy tronu hiszp. Filipa II. Do końca XVI w. niemal cały archipelag został podbity przez Hiszpanię i przekształcony w jej kolonię; nie udało się podporządkować jedynie muzułmanów z południa (przez Hiszpanów zw. Moro), którym pomocy udzielały sąsiednie państwa malajskie. Chrystianizacja F. prowadzona była gł. przez augustianów-eremitów (1521), franciszkanów (1578), jezuitów (1581), dominikanów (1587) i augustianów-rekolektów (1606). W 1579 papież Grzegorz XIII utworzył diecezję w Manili, podporządkowaną metropolii Meksyk, 1595 podniesioną do rangii metropolii. Od 1603 na polecenie króla hiszp. Filipa III organizowano sieć parafialną, zakładano katol. szkoły i szpitale. Bunty przeciw katol. zakonnikom i księżom (XVII–XVIII w.), oskarżanym o lojalną postawę wobec władz hiszp., przerodziły się w XIX w. w antyklerykalne i nacjonalistyczne ruchy niepodległościowe (1565–1898 Filipińczycy wzniecili ponad 100 buntów przeciw władzom hiszp.).